Bioinformatics & DNA Tools

Bioinformatics

从基本的序列管理软件和引物计算器到信息学数据库和参考管理器，如果没有必要的工具，现代分子生物学是不可能的.

该页将作为一个不断增长的库，其中包含一些最必要的DNA工具，这些工具是OUGF所知道的, 随着新的、更好的资源的出现，它将继续增长.

Computing Power

newbb电子平台高性能计算(HPC)集群:

• 四台戴尔PowerEdge R7515型服务器，每台服务器都有64个AMD物理CPU内核和1TB内存，总共256个CPU内核, 512 GHz of capacity, 4 TB of RAM, 以及50tb的本地存储空间.
• 服务器集成使用VMware的vSphere作为管理程序，vSAN作为集群磁盘文件系统. Ubuntu Linux服务器使用VMware的Horizon View桌面虚拟化软件，按需动态配置8vcpu和16gb RAM. 可以根据需要提供更大的系统.
• 经过授权的教师和学生可以通过newbb电子平台的网络，通过Horizon View的虚拟桌面(VDI)或newbb电子平台的校园虚拟专用网(VPN)软件访问Ubuntu Linux服务器.
• 用于访问服务器 请填一下这张表.

出版物和序列数据库

The 国家生物技术信息中心 是由国家医学图书馆和国立卫生研究院管理的. 该数据库包括序列信息(基因组、基因、SNP等).)、实验数据(GEO、BioSystems、ClinVar等).)、软件(BLAST、COBALT、OSIRIS等.)、文献(PubMed、MeSH数据库、Bookshelf等).), and much more. 一个好的起点是NCBI手册和他们的培训和教程.

The 欧洲生物信息学研究所 是NCBI的欧洲版本吗

The 联合基因组研究所 是由能源部管理的，有大量的数据和工具来寻找序列, genomes, proteomes, 以及许多交叉引用的数据库，用于组装大型信息集.

The newbb电子平台图书馆 能够访问大量的同行评议期刊和几个大型出版数据库.

序列管理和操作软件

CLC基因组学工作台

• CLC基因组学工作台是用于序列存储和操作(克隆)的授权软件, primer design, restriction mapping, etc.)以及NGS数据分析. OUGF目前为该软件维护两个许可证. 有关如何访问CLC基因组学工作台的信息，请发送电子邮件给Dr. Nigel Daniels
• CLC教程和手册都是入门的好资源.

CLC Sequence Viewer

• 精简版的CLC. 具备基本的序列操作和查看能力. 在Workbench中创建的大多数分析和文件都可以在Sequence Viewer中查看.
• A 巨大的生物信息学工具目录，数据库，和其他资源.

QIIME 2.0

• QIIME 2™是可扩展的下一代微生物组生物信息学平台, free, open source, 社区发展起来了. 微生物组分析的现行标准.
• QIIME 2.0有许多教程可以遵循，即使您不熟悉Linux/命令行工具也可以学习. 微生物组分析QIIME2:一个动手教程，另一个很好的教程.

Others

IDT Oligo Analyzer

• 底火设计工具，用于计算熔体温度, GC content, dimerization, 以及引物的其他特征
• IDT还维护qPCR实验引物设计工具

Galaxy

• 用于自动分析大型数据集和批量的工作流设计

Quick Calculators

• 在统计学中快速使用的一套计算器, data simulation, molarity calculators, and many more.